Genomics and Phylogeny of Motor Proteins: Tools and Analyses
Genomik und Abstammungsgeschichte von Motorproteinen: Werkzeuge und Analysen
von Florian Odronitz
Datum der mündl. Prüfung:2008-01-23
Erschienen:2008-02-19
Betreuer:Dr. Martin Kollmar
Gutachter:Prof. Dr. Ralf Ficner
Gutachter:Prof. Dr. Burkhard Morgenstern
Gutachter:Prof. Dr. Hans-Joachim Fritz
Dateien
Name:odronitz.pdf
Size:20.3Mb
Format:PDF
Description:Dissertation
Zusammenfassung
Englisch
This work is a collection of several projects that are mainly concerned with the genomics and the phylogeny of Myosins. Two database driven web applications are described. The first, CyMoBase (www.cymobase.org) contains information about different aspects of motor- and cytoskeletal proteins. The second, diArk (www.diark.org) contains information about several hundred species and genome sequencing projects and provides a large number of eukaryotic genome sequences. In a large scale phylogenetic analysis using 2269 myosin protein sequences we were able to draw the tree of life containing 328 species. This analysis also provides a universal classification scheme for Myosins, currently encompassing 35 classes. In a study about differential splicing in insect Myosins we describe the diversity of gene products and a possibly novel mechanism of splicing. Additionally, using sequences from Myosin, Kinesin and Dynein, we were able to determine the phylogeny of 21 insect species in detail. The work also describes software for gene structure determination (Scipio and WebScipio, www.webscipio.org) and prediction of solid state NMR spectra of proteins.
Keywords: Myosin; Genomics; Gene Structure; Evolution
Weitere Sprachen
Die vorliegende Arbeit ist eine
Zusammenstellung mehrerer Projekte, die sich zum Großteil mit
genomischen und phylogenetischen Aspekten vom Myosinen befassen.
Zwei Datenbank-basierte Web-Applikationen werden beschrieben. Die
erste, CyMoBase (www.cymobase.org) enthält Informationen zu
verschiedenen Aspekten von Motor- und Cytoskelett-Proteinen. Die
zweite, diArk (www.diark.org) enthält Informationen zu mehreren
hundert Spezies und Genom-Sequenzierprojekten und stellt eine große
Anzahl von Genomensequenzen zur Verfügung. In einer umfangreichen
Analyse der Phylogenie von 2296 Myosin-Sequenzen konnten wir den
Baum des Lebens mit 328 Spezies bestimmen. Diese Studie liefert
auch ein universelles Klassifizierungs-System für Myosine, welches
derzeit 35 Klassen umfasst. In einer Studie zum differenziellen
Splicing von Insekten-Myosinen beschreiben wir die Diversitär der
Genprodukte und einen potentiell neuen Mechanismus des
differenziellen Splicings. Des weiteren konnten wir aufgrund von
Sequenzen von Myosin, Kinesin und Dynein die phylogenetischen
Verhältnisse von 21 Insekten-Spezies mit hoher Genauigkeit
bestimmen. Die Arbeit beschreibt ebenso Software zur Bestimmung von
Gen-Strukturen (Scipio und WebScipio, www.webscipio.org) und zur
Vorhersage von Festkörper-NMR-Spektren von Proteinen.
Schlagwörter: Myosin; Genomik; Genstruktur; Evolution