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Martin Pfaff war über viele Jahre hinweg in der wissenschaftlichen Politikberatung tätig. Er war Mitglied verschiedener Expertenkommissionen im In- und Ausland, darunter von 1985 bis zur ersten Wahl in den Deutschen Bundestag 1990 Mitglied des Sachverständigenrates für die Konzertierte Aktion im Gesundheitswesen.
Seine Forschungsschwerpunkte sind Transferökonomie, Verteilungs- und Sozialpolitik, Stadt- und Regionalforschung und Gesundheitsökonomie. Er ist Verfasser und Herausgeber mehrerer Bücher, Monographien und zahlreicher Aufsätze aus den Gebieten Sozialpolitik, Arbeitsmarktpolitik, Finanzpolitik, Umweltpolitik, Bildungspolitik, kommunale Sozial- und Infrastrukturpolitik. Er ist Gründer und wissenschaftlicher Direktor des Internationalen Instituts für Empirische Sozialökonomie (INIFES).
Im Deutschen Bundestag ist er Mitglied des Gesundheitspolitischen Ausschusses (im Oktober 1995 zu dessen stellvertretenden Sprecher der Arbeitsgruppe Gesundheit der SPD-Fraktion gewählt). Während der Beratungen zum Pflegeversicherungsgesetz Mitglied im Arbeits- und Sozialpolitischen Ausschuß, seit 1994 stellvertretendes Mitglied im Finanzausschuß. Zudem ist er Bundesvorsitzender der Arbeitsgemeinschaft der Sozialdemokratinnen und Sozialdemokraten im Gesundheitswesen.