Eine der Forderungen an Suchdienste für die wissenschaftliche Informationssuche ist es, das Auffinden von Qualitätsressourcen durch eine Vorauswahl zu unterstützen. Da die Qualität von Internetressourcen sehr unterschiedlich ist, sind Kriterien zur Bestimmung von wissenschaftlichen Qualitätsressourcen nötig. Zusammenstellungen solcher Kriterien sind von verschiedenen Autoren als Entscheidungshilfe für Informationssuchende bzw. direkt für die Verwendung in Nachweisdiensten für wissenschaftliche Internetressourcen (DESIRE-Projekt) erarbeitet worden.
Die Möglichkeiten, Ressourcen anhand von Kriterien für die wissenschaftliche Qualität für die Aufnahme in den Suchdienst auszuwählen, unterscheiden sich bei roboterbasierten und manuell erstellten Suchdiensten wesentlich.
Roboterbasierte Suchdienste haben durch die automatisierte Arbeitsweise beim Einsammeln der Informationen sehr beschränkte Möglichkeiten der Selektion nach qualitativen Gesichtspunkten. Intellektuelle Entscheidungen, die die Mehrzahl der obengenannten Kriterien voraussetzen würde, können nicht getroffen werden. Eine Möglichkeit, die bei einigen roboterbasierten Diensten eingesetzt wird, ist die Beschränkung des Harvesting auf bestimmte Server, meist von wissenschaftlichen Einrichtungen. Dies entspricht der Auswahl anhand der Autorität der veröffentlichenden Institution. Die Methode wird besonders von fachlichen Suchdiensten angewandt, wobei nur Dokumente auf Servern von Institutionen des entsprechenden Fachgebietes berücksichtigt werden. Der größte Teil der roboterbasierten Suchdienste trifft jedoch keinerlei qualitätsbezogene Auswahl beim Erfassen der Ressourcen.
Manuelle Dienste bieten grundsätzlich die Voraussetzungen für eine Qualitätsauswahl, da sie in gewissem Maße durch manuelle Erstellung und damit die Möglichkeit intellektueller Entscheidungen gekennzeichnet sind. In der praktischen Umsetzung einer Qualitätsauswahl nach wissenschaftlichen Maßstäben gibt es jedoch große Unterschiede; besonders zwischen fachlichen Qualitätsdiensten, die sich an wissenschaftliche Nutzergruppen wenden und kommerziellen, meist generellen Dienste, die ein breites Publikum ansprechen. Die fachlichen Dienste begreifen die Qualitätsauswahl der Ressourcen als eine ihrer Kernaufgaben. Sie verwenden daher auch Auswahlkriterien, die den zur Evaluierung von Internetressourcen empfohlenen entsprechen, und machen diese dem Nutzer transparent. Ein Großteil der kommerziellen, generellen Dienste nennt dagegen kaum Auswahlkriterien oder diese sind eher am Unterhaltungswert der Ressourcen orientiert. Nur wenige dieser Dienste geben eine Auswahl nach inhaltlichen Qualitätskriterien an.
Das Potential der inhaltlichen Auswahl bei manuellen Diensten wird also vor allem von der Gruppe der fachlichen Qualitätsdienste ausgeschöpft. Dies korrespondiert mit der jeweiligen Zielgruppenorientierung der Dienste.