FU Berlin Digitale Dissertation
Bernd Jagla : Funktionen und Strukturen abgeleitet aus Aminosäuresequenzen mit bioinformatischen Methoden Predicting structure and function of amino acid sequences using bioinformatical methods
|Zusammenfassung| |Inhaltsverzeichnis| |Ergänzende Angaben|

Zusammenfassung Verschiede Methoden zur Funktions- und Strukturvorhersage ausgehend von der Primärstruktur wurden vorgestellt. Ein adaptiv kodierendes Neuronales Netz (ACN) ist entwickelt worden, mit dem es möglich ist, die charakteristischen physikochemischen Eigenschaften in Proteinsequenzen zu bestimmen. Hiermit ist es möglich, 96% der experimentell verifizierten Schnittstellen von humanen sekretorischen Proteinen vorherzusagen. Bisher waren nur Vorhersagen mit einer Genauigkeit von bis zu 68% möglich. Außerdem können mit den ACN Mutationen in den Schnittstellenregionen humaner sekretorischer Proteine korrekt vorhergesagt werden. Es wurde somit erfolgreich gezeigt, wie aus der Sequenzinformation auf eine Funktion geschlossen werden kann. Die Vorhersage der Konformation von Peptidylprolylbindungen ist mit dem vorliegenden Datensatz nicht zufriedenstellend lösbar. Für eine erfolgversprechende Analyse müßte die 10- bis 20-fache Menge an Daten vorliegen. Trotzdem konnte gezeigt werden, daß die MHC-I Proteine eine charakteristische cis-Prolingruppe besitzen, die eine Unterscheidung von anderen Proteinen erlaubt. Die Simulierte Molekulare Evolution wurde erfolgreich zum Entwurf zellprotektiver Peptide angewendet. Ein Algorithmus zum Design inhibitorischer Proteine, basierend auf der Analyse von Protein-Protein-Wechselwirkungen, wurde entwickelt und erfolgreich auf zellprotektive Experimente getestet.

Inhaltsverzeichnis Die gesamte Dissertation können Sie als gezippten tar-File oder als zip-File laden. Durch Anklicken der Kapitelüberschriften können Sie das Kapitel in PDF-Format laden: KAPITEL 1 Einleitung Schnittstellen humaner Signalpeptide Konformation der Peptidylprolylbindung Peptid Docking KAPITEL 2 Daten Sequenzen der Schnittstellenregion humaner sekretorischer Proteine Peptidylprolylsequenzen Liganden-Docking KAPITEL 3 Methoden Gütekriterien Kodierung der Daten Vergleich von Kodierungen Informationsanalyse Lineare Trennverfahren Schwerpunktanalyse (Zentroid-Verfahren) Bayes-Prediktor Mahalanobis-Distanzanalyse Künstliche Neuronale Netze Perzeptron Mehrlagige Neuronale Netze Neuronale Netze mit adaptiver Kodierung Lernstrategien Identifikation von Schnittstellen in Sequenzen unter Verwendung von Künstlichen Neuronalen Netzen Selbstorganisierende Karten (Kohonenkarten, SOK) Peptid Docking KAPITEL 4 Ergebnisse Schnittstellen humaner Signalpeptide Informationsanalyse Positionsabhängige Häufigkeitsverteilung von Aminosäuren in Schnittstellenpeptiden Schwerpunktanalyse Bayes-Prediktor Hauptkomponentenanalyse (PCA) Mahalanobis-Distanzanalyse Künstliche Neuronale Netze Lernstrategien Vergleich von Kodierungsmethoden Kohonen Netze Vorhersage der cis/trans- Konformation von Peptidylprolylbindungen Informationsanalyse  Schwerpunktanalyse Hauptkomponentenanalyse Mahalanobis-Distanzanalyse Adaptive Kodierung Kohonennetze Klassifikation und Information der Oberflächeneigenschaften 3D-Umgebung Sekundärstruktur am Prolin Design von Proteinliganden Simulierte Molekulare Evolution Peptid-Docking KAPITEL 5 Diskussion Schnittstellen humaner Signalpeptide Konformationsvorhersage der Peptidylprolylbindungen Ligandendesign Simulierte Molekulare Evolution Peptid-Docking KAPITEL 6 Literaturverzeichnis KAPITEL 7 Lebenslauf KAPITEL 8 Anhang I Humane Schnittstellendaten KAPITEL 9 Anhang II Physikochemische Eigenschaften von Amiosäuren KAPITEL 10 Anhang III: Gruppierung der PDB Datenbank nach Wechselwirkungsklassen

Ergänzende Angaben:
Online-Adresse:	http://www.diss.fu-berlin.de/1999/54/index.html
Sprache:	Deutsch
Keywords:	signal peptide cleavage site sequence, peptidyl-prolyl-conformation, peptide design
DNB-Sachgruppe:	30 Chemie
Datum der Disputation:	24-Sep-99
Entstanden am:	Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie, Freie Universität Berlin
Erster Gutachter:	Prof. Dr. Paul Wrede
Zweiter Gutachter:	Prof. Dr. Hanspeter Herzel
Kontakt (Verfasser):	berndj@zedat.fu-berlin.de
Kontakt (Betreuer):	wrede@zedat.fu-berlin.de
Abgabedatum:	28-Sep-99
Freigabedatum:	29-Sep-99

 

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