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FU Berlin
Digitale Dissertation

Sabine Krause :
Die Transferproteine TraG und TrbB des konjugativen Plasmides RP4: Strukturelle und funkionelle Gemeinsamkeiten zu analogen Komponenten anderer Transportsysteme
The transfer proteins TraG and TrbB of the conjugative plasmid RP4: structural and functional similarities to analogous components of other transport systems

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|Zusammenfassung| |Inhaltsverzeichnis| |Ergänzende Angaben|

Zusammenfassung

An der bakteriellen Konjugation sind zwei Multiproteinkomplexe beteiligt: (i) Das Mpf-System assembliert den Sex-Pilus und etabliert den Zell-Zell-Kontakt zum Rezipienten. (ii) Das Relaxosom katalysiert den DNA-Einzelstrangbruch an der nic-site des oriT. Die TraG-ähnlichen Proteine sind für die Konjugation essentiell, können bisher jedoch weder dem Mpf-System noch dem Relaxosom zugeordnet werden. TraG-ähnliche Proteine bilden eine neuartige Proteinklasse, deren Funktion auf die Konjugation beschränkt zu sein scheint. Die modifizierten Vertreter RP4 His6-TraG und F His6-TraD banden nicht-sequenzspezifisch an dsDNA und ssDNA, wobei ssDNA das bevorzugte Substrat war. His6-TraD bildete einen Komplex mit R1 TraM, einem möglichen Bestandteil des Relaxosoms. His6-TraG interagierte ebenso wie His6-TraD mit der Relaxase von RP4. Dies zeigt, daß die TraG-ähnlichen Proteine mit Komponenten des Relaxosoms wechselwirken. Da His6-TraG und His6-TraD keine NTPase-Aktivität besaßen, scheinen sie keinen energieverbrauchenden Prozeß zu katalysieren. Deshalb lassen sich für die TraG-ähnlichen Proteine zwei mögliche Funktionen innerhalb der Konjugation ableiten. Entweder initiieren sie das Ablösen des zu transferierenden DNA-Einzelstranges von der Plasmid-DNA oder führen ihn der Transportpore zu. Eine direkte Beteiligung am DNA-Transport ist denkbar, wenn eine Kopplung an ein NTP-spaltendes Enzym vorliegt. Im RP4-System könnte dies TrbB oder TrbE sein. Ein His6-TraG-TrbB-Komplex konnte jedoch nicht nachgewiesen werden. Vertreter der PulE-Superfamilie sind eine essentielle Komponente eines membrandurch-spannenden Multiproteinkomplexes (wie z.B. des Mpf-Komplexes), der an so unterschied-lichen Vorgängen wie der Ausscheidung von Proteinen (z.B. Toxinen), der Pilus-assemblierung, dem twitching motility und der Aufnahme von DNA mittels natürlicher Transformation beteiligt ist. Die gereinigten PulE-ähnlichen Proteine RP4 TrbB und cag HP0525 von Helicobacter pylori bildeten eine hexamere Ringstruktur aus, die zwei chemisch unterscheidbare Seiten besaß. Lokalisierungsstudien lassen vermuten, daß die eine Seite mit der inneren Membran assoziiert ist und die andere in das Cytoplasma ragt. Die strukturellen Eigenschaften von TrbB wurden auch für Chaperone der Hsp100-Familie beschrieben. Das gereinigte PulE-ähnliche Protein R388 TrwD bildete ebenfalls Ringstrukturen aus, deren nähere Architektur aber noch nicht geklärt wurde. Zusätzlich wurden bei TrwD stäbchen-förmige Strukturen beobachtet. Nukleotide stabilisierten die Ringe von TrbB und TrwD. TrbB, TrwD und HP0525 besaßen NTPase-Aktivität, die in der gleichen Größenordnung wie die der Chaperone lag. Mutationsstudien mit TrbB zeigten, daß diese Aktivität von TrbB für die Konjugation notwendig ist. Die strukturellen und enzymatischen Gemeinsamkeiten von TrbB, TrwD, HP0525 und Chaperonen, lassen vermuten, daß PulE-ähnliche Proteine durch Fixierung von Komponenten des Membrankomplexes in einer bestimmten Konformation die Assemblierung des Komplexes unterstützen. Dies könnte den Transport der Komponenten über die innere Membran und/oder das Binden an einen weiteren (Mpf)-Bestandteil ermöglichen.

Inhaltsverzeichnis

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1.EINLEITUNG 1
1.1 Bakterielle Konjugation 1
1.2 Das promiskuitive IncPa-Plasmid RP4 2
1.3 Der konjugative DNA-Transfer des Plasmides RP4 4
1.3.1 Die Rolle von TraG-ähnlichen Proteinen in der Konjugation 7
1.3.2 TrbB ist Mitglied der PulE-Superfamilie 9
1.4 Aufgabenstellung 12
2. MATERIALIEN 15
2.1 Plasmide 15
2.2 Bakterienstämme 17
2.3 Bakteriophagen 17
2.4 Medien 17
2.5 Chemikalien, Proteine und Nukleinsäuren 18
2.6 Puffer 19
2.7 Sonstige Materialien 20
3.METHODEN 21
3.1 DNA-Techniken 21
3.1.1 Isolierung von DNA 21
3.1.2 Allgemeine in vitro-Rekombinationstechniken 21
3.1.3 Herstellung einer trbB-in frame-Deletionsmutante 22
3.1.4 Erzeugung von trbB-Punktmutationen 23
3.1.5 DNA-Sequenzierung 23
3.1.6 Herstellung von 32P-markierten ds-DNA-Fragmenten 23
3.2 Konjugation 24
3.3 Elektrophoresetechniken 24
3.3.1 Elektrophoresetechniken zur Auftrennung von DNA 24
3.3.2 SDS-Polyacrylamidgelelektrophorese 25
3.4 Proteinanalyse 25
3.4.1 Proteinüberproduktion durch induzierte Genexpression 25
3.4.2 Denaturierender analytischer Zellaufschluß 26
3.4.3 Nativer analytischer Zellaufschluß 26
3.4.4 Proteinreinigung 26
3.4.5 Quantitative Proteinbestimmung 27
3.4.6 Transfer von Proteinen auf eine Trägermembran 27
3.4.7 Immunologischer Nachweis von Proteinen (SOPHIA) 27
3.4.8 Protein-Sequenzierung 28
3.5 Elektronenmikroskopie 28
3.6 Glyceringradientenzentrifugation 28
3.7 Bestimmung der NTPase-Aktivität 28
3.8 Fragmentretentionstest zur Analyse von DNA-Protein-Komplexen 29
3.9 Analyse von Protein-Protein-Wechselwirkungen 29
4.ERGEBNISSE 31
Teil 1 Die TraG-ähnlichen Proteine interagieren mit Komponenten des Relaxosoms
4.1 Ein Sequenzvergleich der TraG-ähnlichen Proteine legt die Unter-teilung in zwei Unterfamilien
nahe 31
4.2 RP4 TraG und F TraD ließen sich nach Modifizierung reinigen 33
4.2.1 Die N-terminale Modifizierung von RP4 TraG und F TraD beeinträchtigte nicht die Transferfunktion der Proteine 33
4.2.2 Affinitätschromatographie mit Ni-NTA ergab gereinigtes His6-TraG und His6-TraD 35
4.3 His6-TraG und His6-TraD besitzen keine ATPase-Aktivität 37
4.4 His6-TraG und His6-TraD binden nicht-sequenzspezifisch an dsDNA und ssDNA 40
4.5 His6-TraG bindet an die Relaxase von RP4 und His6-TraD an R1 TraM 43
Teil 2 RP4 TrbB, R388 TrwD und cag HP0525 von Helicobacter pylori besitzen strukturelle und enzymatische Gemeinsamkeiten
4.6 TrbB ist eine für die Konjugation von RP4 essentielle, enzymatische Komponente des Mpf-Komplexes 47
4.6.1 Die Gene trbB und trbC sind translational gekoppelt 48
4.7 Die Reinigung von RP4 TrbB, R388 TrwD und cag HP0525 erfolgte unter nativen Bedingungen 49
4.7.1 Die Überexpression von RP4 trbB, R388 trwD und cag HP0525 in E. coli führte zur Überproduktion von löslichem Protein, das in vivo aktiv war 49
4.7.2 Eine dreistufige Reinigung führte zu nahezu homogenen RP4 TrbB, R388 TrwD und cag HP0525 51
4.8 RP4 TrbB, R388 TrwD und cag HP0525 sind NTP-Hydrolasen 53
4.8.1 dATP, GTP und ATP sind Substrate für RP4 TrbB 53
4.8.2 Die NTPase-Aktivität von RP4 TrbB besitzt zwei pH-Maxima 54
4.8.3 Das Substratspektrum der NTPase-Aktivität von RP4 TrbB und R388 TrwD unterscheidet sich vom cag HP0525-Substratpektrum 54
4.9 RP4 TrbB, R388 TrwD und cag HP0525 besitzen eine ähnliche hexamere Ringstruktur 55
4.9.1 Physikalische Eigenschaften von RP4 TrbB und cag HP0525 55
4.9.2 RP4 TrbB und cag HP0525 bilden Hexamere 57
4.9.3 Die oligomeren Strukturen von RP4 TrbB, R388 TrwD und cag HP0525 sind ringförmig 57
4.9.4 Die Hexamere von RP4 TrbB und cag HP0525 bestehen aus unregelmäßig trigonalen Untereinheiten 58
4.10 trbB-Mutationsanalyse von innerhalb der PulE-Superfamilie konservierten Bereichen 60
4.10.1 Die intakte Typ A-NBS in TrbB ist für den konjugativen Transfer von RP4 essentiell 61
4.10.2 Eigenschaften der TrbB-Mutantenproteine 61
5.DISKUSSION 65 5.1 Die TraG-ähnlichen Proteine bilden eine neue Proteinklasse, deren Funktion auf die Konjugation beschränkt zu sein scheint 65
5.2 Die Rolle der Proteine der PulE-Superfamilie innerhalb der Assemblierung des Membrankomplexes 70
6.LITERATURVERZEICHNIS 75

Ergänzende Angaben:

Online-Adresse: http://www.diss.fu-berlin.de/1999/75/index.html
Sprache: Deutsch
Keywords: plasmid, TraG, TrbB, conjugation, RP4
DNB-Sachgruppe: 32 Biologie
Datum der Disputation: 02-Dec-1999
Entstanden am: Fachbereich Biologie, Chemie, Pharmazie, Freie Universität Berlin
Erster Gutachter: Prof. Dr. rer. nat. Walter Messer
Zweiter Gutachter: Prof. Dr. rer. nat. Udo Heinemann
Kontakt (Verfasser): krause_s@molgen.mpg.de
Kontakt (Betreuer): lanka@molgen.mpg.de
Abgabedatum:22-Dec-1999
Freigabedatum:24-Aug-2000

 


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